本校於民國七十九年，在醫事技術學系下創設『放射技術組』，開始我國大學放射技術養成教育之濫觴。民國八十七年由『放射技術組』升格為『醫事放射學系』，並同時創立國內首設之『放射醫學科學研究所』，開始招生碩士班研究生。復於民國九十一年成立博士班，發展為完整的放射醫學科學大學教育系統。嗣後為因應時代進步與發展趨勢，於民國九十五年轉型並整合成系所合一，更名為『生物醫學影像暨放射科學系』。
本系所教育目標為：(一) 培育具專業能力之優秀醫事放射師；(二) 領導國內生醫影像及放射科學之跨領域研究與發展；(三) 培具具國際觀之生醫影像及放射科學高級研究人才及師資。系所包含大學部、碩士班與博士班，師資專長涵蓋四大領域：醫學物理、醫學影像、輻射生物與核醫藥物，橫跨基礎與臨床放射科學。系所特色為以整合型、跨領域、多元化與專業化為教學及研究方針，符合本校之『凝聚型大學』發展策略。本系運用SWOT分析策略，訂定發展計畫，本校亦執行一系列改善措施，針對本系劣勢加以改善，已見成果，並達成上述三大目標。大學部與研究所課程均依核心能力規劃與設計，運作良好。課程地圖依本系教育目標及核心能力建置。大學部除133學分必修課程外，另有27學分的選修課及「生醫光電暨奈米科學學位學程」的跨領域學程。除專業訓練外，尚可培養學生之第二專長。研究所以整合型課程為基礎，應用於生物醫學影像及放射科學相關領域之研究。本系針對第一個週期系所評鑑結果與建議，擬訂改善策略進行改善，初期畢業生就讀研究所人數增加，惟近年來因外在大環境及經濟因素，進修意願減緩。目前選修達27學分即是應評鑑建議調整而來，方便有志於研究之學生選修。本系近年在發展生物醫學影像研究不遺餘力，獲基因體國型研究計畫補助，設立小動物正子斷層掃描、單光子斷層掃描、活體光學造影儀等設備；並結合台北榮總迴旋加速器中心與正子中心之資源，積極參與科際間整合、跨領域合作研究，成效斐然。此外，本系與國內外各大研究單位之合作密切，合作交流順暢。
本系專任教師14人，合聘教師5人，共17位教授，2位副教授，師生比為13.8。另聘有14位兼任教師，協助校內教學與臨床教學。本系使用的多元教學工具充足，設置有多元學習評量制度，定期進行教學評量，改進教學設計。系所教學空間尚敷使用，每位專任教師研究空間約67平方公尺，受限於全校空間分配，略為不足。本系教學除專業科目外，另進行科際間整合，規劃基礎醫學、醫學工程、人文素養…等八大專業學習領域，並在授課中加入醫學倫理相關主題，以培養具有多元知識背景之臨床與科技人才。本系所極為重視學生專業論文的閱讀能力及英語能力，以強制與獎勵的方式，提昇學生英語標準，並積極鼓勵學生參與國際學術交流活動。
本系目前大學部學生共163人，碩班研究生49人，博士班研究生51人。大學部學生的輔導，以課業為主，生活輔導為輔，實行導師制，了解學生學習狀況及困難，並加以協助。學生課外活動及社團活動的參與相當積極，成效佳。碩博士班學生由指導老師負責學業、研究及心理調適之輔導。輔導博士班學生通過全英語專題討論，訓練學生日後於國際會議中以英文演講與溝通的能力，為輔導重點之一。學生學習資源多，本系與台北榮總比鄰，充分獲得榮總醫療人員教學及儀器設備的支援。本系實習醫院多，可提供學生完善的臨床學習。本系專任及合聘教師平均每人指導3.6名碩士生及3.6名博士生，除研究指導外，指導老師亦擔任導師職責，提供就業及生涯規劃之輔導。
本校為研究型大學，本系除培育專業醫事放射師外，研究人才的培育與研究表現頗為傑出。2011-2014年共發表SCI及EI論文411篇，每位老師每年平均有8篇論文發表，平均IF點數為3.0。SCI論文排名該領域前5%的有21篇，排名5-20%內有122篇。本系所多位教師兼任學校行政職務，擔任考選部、衛福部、原能會委員、國內外學術期刊審稿委員，主辦國內及國際學術會議，獲獎無數。學士班學生可選修專題研究，培養研究興趣，畢業後均能順利就讀研究所，表現優異。碩博班生研究論文品質要求高，博班畢業生至少發表2篇論文於列SCI或EI之學術期刊。本系自成立研究所十二年以來，共培育272名碩士，50位博士：畢業生表現優，多為學術單位、產業界或醫療院所聘用。至金本系培育之研究生，不論在研究或臨床實務及產業研發，皆有傑出表現。本系教師四年來共獲得189項研究計畫，總經費共一億七千二百萬元，平均每位教師每年主持3.6個計畫。經由計畫的執行，促進本系多元化的教學與研究。本系與產業界及臨床的合作表現亦佳，產學合作研究產品獲得多項專利。綜言之，本系師生們在研究與專業的表現，已有相當亮眼的成績，並獲得各界的好評。
本系為瞭解畢業生升學與就業情形，作為本系教學改進及提升教學品質之依據，以建立資料庫、舉辦系友活動及建立社團網站等機制追踪。此外本系亦進行在校生、系友及企業雇主之問卷調查，並分析結果，作為修訂核心能力、課程規劃、教師教學與學習評量，以及學生輔導與學習資源提供之依據。結果顯示本系畢業生的專業能力符合教育目標，課程內容滿意度高，雇主滿意度高。惟對教學設備器材滿意度普通，有待改善。畢業生整體學習成效，可由87.86%放射師國考及格率及63.1%畢業生從事之工作與本系教學內容相關證實。代表本系畢業生能發揮所學於放射科學相關領域中。
本系整體自我改善機制，除針對第一週期系所評鑑之改善建議，全體成員參與落實品質改善計畫外，本系另透過各個委員會及系務會議，定期追踪檢討改善各項計畫，並針對問題適時提出因應對策，定期檢討成效。本系同時也透過系友會蒐集系友意見，舉辦系友與在校生座談，與職業發展組合作，安排學生參訪業界，加強學生對職場的認知，俾能在畢業後，順利踏入職場。
本系教育的特色是教學與研究並重。本系堅強的師資陣容與優良的教學傳統，以及精緻的課程安排，造就了不少優秀的醫事放射師，在相關領域表現傑出。本系在師生研究的表現非常優異，研究論文成果不僅居國內同行之首，較之其他生物醫學科系或研究單位亦不遑多讓。各專長的教師在國內及國際之學術成就與表現，有目共睹。產學研究成果，亦有所突破，已見初步成效。本系借助台北榮總等專業人才與設備的奧援以及國家研究計畫的補助，得以進行尖端分子影像及放射科學研究，屢有佳績。今後當本此基礎，繼續努力，擴大招攬國內外優秀人才，精進教學研究設備，培育更優秀的臨床放射師、放射領域產業尖兵以及國際級之生醫影像及放射科學高級研究人才與師資，領導國內生醫影像及放射科學之跨領域研究與發展，成為世界級醫學放射科學之研究與教育重鎮。